Z biegiem lat, wskutek częstych wojen na tych terenach, pierwotna świątynia uległa zniszczeniu lub przebudowie. Już przed rokiem 1390 istniał nowy kościół, tym razem ceglano-kamienny, pod wezwaniem św. Wojciecha i św. Stanisława, który po pożarze w 1621 roku i za czasów nowego właściciela dóbr, Mikołaja Spytka Ligęzy, otrzymał nawę główną w obecnym kształcie. W 1754 roku, za czasów Lubomirskich, do kościoła dobudowano nawy boczne, nadając mu barokowy charakter.

Wnętrze kościoła zdobi ołtarz główny z obrazem Pana Jezusa Ukrzyżowanego i obrazami patronów kościoła, odnowiony w 1932 roku i konsekrowany przez bpa Franciszka Bardę. Przy kościele znajduje się również wieża-dzwonnica z początku XVII wieku, ceglano-wapienna, o wysokości 30,5 metra.

Fara od początku była parafią o szerokim zasięgu, obejmującą nie tylko miasto, ale i okoliczne tereny. W 1949 roku, w wyniku podziału terytorium parafii, utworzono nowe parafie: Chrystusa Króla i Księży Saletynów. Proces tworzenia nowych parafii kontynuowano w latach 70-tych, co znacznie zmniejszyło obszar należący do Fary. Pomimo tych zmian, Kościół Farny pozostaje ważnym centrum duchowym dla mieszkańców Rzeszowa i jego okolic.