Wzmianka z 1602 roku o funkcjonującej szkole przy kościele i istnieniu szpitala dla ubogich przed 1728 rokiem podkreśla zainteresowanie parafii nie tylko sprawami duchowymi, ale i edukacją oraz opieką społeczną. Drewniany kościół, konsekrowany przez bpa Waleriana Lubomirskiego w 1619 roku, służył wiernym aż do pożaru w 1876 roku.

Budowa nowego, murowanego kościoła w stylu późno barokowym w latach 1880 przez ks. Józefa Grabowskiego i jego konsekracja w 1886 roku przez bpa Ignacego Łobosa, otworzyły kolejny rozdział w historii parafii. Ołtarze, ufundowane przez księży Fr. Fijasa, Fr. Sikorę i Fr. Kuźniarowicza, wzbogaciły wnętrze świątyni o wyjątkowe dzieła sztuki sakralnej, podkreślając kult św. Mikołaja, patrona parafii, oraz innych świętych.

Organy, ufundowane przez dziedzica Jana Hupkę w 1910 roku, wykonane przez Rugera na Śląsku, oraz dzwon z 1923 roku, który przetrwał II wojnę światową, są dowodem na trwałość i ciągłość tradycji parafialnej. Dwa nowe dzwony, wykonane w 1959 roku przez Felczyńskich w Przemyślu, dodatkowo wzbogaciły dziedzictwo kościoła.

Kaplica cmentarna, zbudowana w 1874 roku przez Jana Hupkę, służy jako miejsce modlitwy za zmarłych i przypomina o historii rodziny Hupków. Ta bogata historia parafii w Niwiskach, od momentu założenia przez działalność kolejnych proboszczów, po dzisiejsze dni, jest nie tylko świadectwem wiary i determinacji mieszkańców, ale i ważnym elementem dziedzictwa kulturowego i duchowego regionu.