Parafia pw. św. Jana Chrzciciela w Bratkowicach, założona 1 stycznia 1934 r., wcześniej była częścią parafii Mrowla. Budowa pierwszego kościoła zakończyła się w 1932 r., finansowana przez mieszkańców i emigrantów z USA. Uroczyste poświęcenie obiektu odbyło się 20 sierpnia 1933 r., prawdopodobnie pod przewodnictwem bp. Tomaki z Przemyśla, przy wsparciu ks. kan. Józefa Heynara, ks. Juliana Bąka oraz ks. Mariana Kulczyckiego.

Z dniem erygowania parafii, ks. Julian Bąk objął funkcję proboszcza, inicjując wyposażenie kościoła w sprzęt liturgiczny. W marcu 1934 r. zamówiono dzwony kościelne w Fabryce Braci Felczyńskich, jednak zostały one skonfiskowane podczas II wojny światowej przez Niemców. Zastąpiono je nowymi w 1947 r. Rok 1934 przyniósł także założenie cmentarza, poświęconego 2 stycznia.

W 1948 r. nabyto nowe organy kościelne. Kolejna znacząca zmiana miała miejsce w 1968 r., kiedy ks. Józef Guzik, ówczesny proboszcz, przystąpił do rozbudowy kościoła. Mimo przeciwności ze strony władz, rozbudowa zakończyła się sukcesem, a poświęcenie odnowionej świątyni odbyło się 27 września 1970 r. przez bp. Ignacego Tokarczuka. W kolejnym roku wnętrze kościoła uległo zmianom, w tym dodano nowe figury do ołtarzy, poświęcone przez bp. Tadeusza Błaszkiwicza. W 1972 r. zakupiono kolejne organy, a trzy lata później wykonano nową polichromię, poświęconą przez bp. Tokarczuka.

W 1990 r. na terenie cmentarza powstała nowa kaplica. Od 1995 r. pod kierownictwem ks. kan. Stanisława Baniaka, kościół przeszedł gruntowną renowację, w tym przebudowę wikarówki i plebanii, a także uporządkowano otoczenie kościoła i dodano witraże.