W 1605 roku, dzięki inicjatywie Jerzego Wandelin Mniszecha, wzniesiono pierwszy drewniany kościół, który służył lokalnej wspólnocie przez wiele lat. W połowie XIX wieku, dokładnie w 1854 roku, Piotr Steinkeller zbudował obecny, murowany kościół, który został konsekrowany przez bp. Franciszka Wierzchlejskiego, Biskupa Przemyskiego. Ta świątynia stanowi dziś serce parafii, będąc miejscem regularnych spotkań wiernych i modlitw.

Nieodłączną częścią duchowego krajobrazu parafii jest również kaplica leśna w Mrukowej, dostępna jedynie pieszym szlakiem. Wybudowana w 1906 roku w stylu gotyckim, na miejscu związanym z legendą o cudownej statui Matki Bożej, kaplica ta jest miejscem pielgrzymek i modlitw. Obok kaplicy znajduje się „cudowne” źródełko, przy którym w 1998 roku wzniesiono grotę, co dodatkowo podkreśla sakralny charakter tego miejsca. Drogę Krzyżową, prowadzącą do kaplicy, poświęcił bp Kazimierz Górny w 2000 roku, co świadczy o ciągłym rozwoju i pielęgnowaniu tradycji religijnych w parafii.

Historia parafii obejmuje również miejscowość Pielgrzymka, gdzie w 1991 roku, w budynku dawnej agronomówki, odbyła się pierwsza Msza św., z inicjatywy bpa Ignacego Tokarczuka. Budynek ten, po częściowej rozbudowie i dobudowaniu nowej części, stał się kościołem filialnym, który został poświęcony przez bpa Kazimierza Górnego w 1997 roku.

Parafia Samoklęski, z jej zabytkowym kościołem, kaplicą leśną oraz kościołem filialnym w Pielgrzymce, jest żywym świadkiem głębokiej wiary i tradycji religijnych, które są pielęgnowane przez lokalną wspólnotę od wielu pokoleń.