Wczesne dzieje parafii, mimo ich bogactwa, są słabo udokumentowane z powodu pożaru wywołanego przez napad Tatarów w 1624 roku, który pochłonął zarówno kościół, jak i wszystkie metryki oraz dokumenty. Drewniane konstrukcje, które następnie służyły jako miejsca kultu, wielokrotnie padały ofiarą pożarów, aż do czasu, gdy w latach 1803-1806, za administrowania ks. Marcina Meszczyńskiego, zbudowano murowany kościół. Jego fundatorem był Jan Aleksander Morski, dziedzic klucza łąckiego, co zapoczątkowało nowy rozdział w historii parafii.

Kolejne lata przyniosły znaczący rozwój infrastruktury parafialnej. Za czasów ks. Wojciecha Żebrackiego, który objął parafię w 1886 roku, wybudowana została nowa plebania oraz dwie kaplice. Rok 1918 oznaczał erygowanie w Zaczerniu domu Zgromadzenia Sióstr św. Dominika, dzięki hojności Wojciecha Micała, który przekazał zakonowi budynki i ziemię, a także sprowadził do kościoła stacje drogi krzyżowej z Rzymu.

Zaczerska parafia była reprezentowana przez miejscową młodzież na Jasnej Górze podczas uroczystości milenijnych w 1962 roku, co świadczy o jej aktywnym udziale w życiu duchowym Diecezji Przemyskiej. W 2007 roku dokonano generalnego remontu i rozbudowy kościoła, dodając nowe nawy, co jeszcze bardziej podkreśliło jego centralną rolę w życiu parafii.

Działania podjęte w ostatnich latach, takie jak instalacja nowych organów, położenie granitowej posadzki oraz wykonanie nowej polichromii całego kościoła przez artystów z Tarnopola, są dowodem na ciągłe dbanie o piękno i ducha miejsca, które od wieków stanowi duchowe centrum dla mieszkańców Zaczernia i okolic.